微生物Meta测序
16S rDNA序列（在所用物种中高度保守）是最常用的细菌分类标准，通过提取环境样品的DNA，并扩增其中16S rDNA基因；通过检测16S rDNA 的序列变异和丰度，反映环境样本中细菌的分类和丰度
细菌基因组测序
新一代高通量测序技术大大减少了基因组测序的成本和时间，让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。根据不同的研究目的和测序要求，细菌基因组测序可分为四种类型：细菌基因组Scanning、细菌基因组
Solid 4二代测序
SOLiD 4是由ABI公司研发的新一代超高通量基因测序分析系统。该系统采用结合在磁珠上单分子DNA片段簇为测序模板，以四色荧光标记寡核苷酸进行连续的连接反应为基础，对扩增的DNA片段进行大规模高通量测序。
基因表达谱分析
基因表达谱分析直接对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序，研究基因的表达差异情况。与转录组测序相比，基因表达谱测序要求的读长更短，测序通量更小，仅可用于基因表达差异的研究。